Действие Dying Light 2 Stay Human происходит через 15 лет после вспышки зомби вируса в Харране. Главный герой, Эйден Колдуолл, отправляется в путешествие в город Вилледор, последний стоящий город на Земле, на поиски своей потерянной сестры Мии. Игра начинается с того, как Эйден выбегает из туннеля на окраину Вилледора, где его встречает Спайк - давний друг Эйдена, который также является пилигримом. Спайк рассказывает о том, что ему удалось связаться с человеком, который знает Вальца - человека, который разлучил Эйдена с Мией. Вальц проводил эксперименты над детьми до того момента, пока на лабораторию ВГМ не напали. С того момента Эйден и пытается найти Мию. Эйден добирается до убежища, связывается с информатором и проникает в тоннели, через которые можно попасть в Вилледор. В тоннелях Эйдена кусает зомби, но его спасает информатор. Пока Эйден был без сознания, на информатора напали ренегаты. Придя в себя, Эйден спасает информатора. Тот отдаёт ему ключ ВГМ, за которым охотятся ренегаты во главе с Вальцем. С помощью ключа можно открывать двери, которые ранее были закрыты. Информатор просит найти некую Лоан, которая может помочь. Эйден лезет в вентиляцию, которую закрывает информатор, после чего его убивают ренегаты. Вирус начинает проявлять себя и ренегаты замечают Эйдена. Ему удаётся уйти, он попадает на Базар. Здесь его чуть не убивают за отсутствие биомаркера - устройства, показывающего прогрессирование зомби инфекции. Его спасает Хакон, бывший ночной охотник, который рассказывает о том, что в Вилледоре все заражены и носят биомаркеры. Он поручает Эйдену забрать биомаркер из больницы. В больнице Эйден видит воспоминания, где он и его сестра Мия находились в похожей больнице ВГМ, где над ними ставили эксперименты учёные, одним из которых был Вальц. Достав биомаркер, Эйден с Хаконом решают отправиться в Сентрал-Луп, центр Вилледора. Однако им это не удаётся. Метро, которое соединяет Старый Вилледор и Новый, а также является единственной возможностью перемещаться между двумя частями города, ведь между ними разлиты химикаты, которые смертельно опасны, закрыто. Его контролируют Миротворцы, одна из фракций города. У Миротворцев убивают их лидера - Лукаса. Те, чтобы найти убийцу, закрывают проход в тоннели метро. Айтор, новый лидер Миротворцев в Старом Вилледоре, отправляет Эйдена на поиски убийцы. Эйден направляется на Базар - убежище выживших, которым руководит Карл. Эйден, чтобы втереться в доверие к "базарным", начинает работать на Софи. Работая на Выживших, одну из фракций, Эйден узнаёт, что Миротворцы ущемляют выживших, забирая их припасы. Позже у Выживших появляются проблемы. Их водонапорную башню захватывают бандиты и берут в плен Карла. Герой спасает Карла. За Эйденом остаётся выбор: помочь Выжившим в борьбе с Миротворцами или найти убийцу Лукаса среди Выживших.

Если герой помогает Выжившим, то он отбив водонапорную башню, отдаст её Выжившим. После его отправят на подрыв ветряка Миротворцев - единственного источника энергии в этой части города. Подорвав ветряк, на Эйдена нападут Миротворцы. Вернувшись на Базар, мы спасаем Выживших. После схватки с Андерсон, мы отправляемся к Хакону.

Если герой помогает Миротворцам, то мы отдаём водонапорную башню Миротворцам. Эйден идёт в отель и находит у брата Софи - Барни - кусок плоти Лукаса. Появляется Айтор и арестовывает его. На допросе тот ничего не рассказывает. Хакона с Эйденом пропускают через тоннель. Но неожиданно отключается свет, потому что Выжившие взорвали ветряк. Хакон пропадает, а Эйден оказывается в ловушке. Тут ему выбраться помогает Андерсон - одна из Миротворцев. Эйден, выбирается на поверхность, где встречает сбежавшего Барни. Убив его, он добирается до лифта, где застряла Андерсон. Но спасти её не успевает и отправляется к Хакону.

Добравшись до Хакона, Эйден узнаёт, что он убил Лукаса. На Хакона нападает снайпер. Догоняя его Эйден узнаёт, что снайпер - девушка. Спустя некоторое время с ним связывается та фракция, какой Эйден помогал. Выжившие/Миротворцы сообщают ему о южном тоннеле, через который можно попасть в Сентрал-Луп.

Попав в тоннель, Эйден доходит до генератора. Включив его, двери открываются и появляются Миротворцы во главе с Айтором. Если Эйден помогал Выжившим, то Айтор будет зол на Эйдена. Если Миротворцам, то Айтор будет рад видеть Эйдена. Двери в тоннеле закрываются и Эйден отправляется искать причину. Запустив уже другой генератор, он возвращается назад и замечает Миротворцев, которые окружили Вальца. После короткого разговора тот расправляется с Миротворцами с нечеловеческой силой. Повалив Эйдена, Вальц убивает его.

Спустя какое-то время Эйден приходит в себя и застаёт ренегатов. Начинается драка, в ходе которой Эйден превращается в существо, которое способно легко расправится со всеми. Через время Эйден оказывается в другом месте. Вокруг него куча трупов. Он начинает преследовать Вальца и добирается до него. В ходе схватки Вальца ранит снайпер и Эйден с ней убегают. Вальц же превращается в зомби, сохраняя рассудок. Начинается погоня через тоннели. Эйдену удаётся уйти вместе со снайпером. А снайпером оказывается Лоан. Эйден рассказывает ей о ключе ВГМ.

Выйдя наружу, герои застают момент, когда во всём городе включается свет. Лоан обеспокоена этим, ведь более 15 лет в городе не было электричества. Но свет отключается через время. Лоан даёт старый аэроплан. Эйден с Лоан разделяются. Эйден идёт к одной электростанции, а Лоан к другой.

Добравшись до электростанции, Эйден встречает Миротворцев. На них нападают ренегаты. Эйден проникает внутрь и запускает генераторы. После этого он решает: отдать электростанцию Выжившим или Миротворцам. После электростанции Эйден добирается до бара „Рыбий Глаз". Тут он знакомится с Фрэнком, бывшим лидером ночных бегунов, которые почти все погибли на телебашне. Неожиданно на бар нападают ренегаты. Эйден расправляется с ними, а после не даёт пушкам выстрелить. Ренегаты пробираются к Фрэнку. Эйден вламывается внутрь. Ренегаты чуть не убивают Эйдена. Его спасает Джек Метт - лидер Миротворцев. Эйдену поручают задание: доставить письмо от Джека Роу - лидеру блокпоста Миротворцев.

Эйден доставляет письмо. После он добирается до главной базы Миротворцев. Поговорив с Джеком, Эйден также узнаёт, что Айтор выжил. Джек рассказывает, что знает учёного ВГМ, который мог бы помочь в поиске Мии. Также Джек рассказывает о ренегатах, которые в последние время активизировались. Миротворцы, чтобы победить ренегатов, планируют забраться на телебашню, чтобы создать своё радио для пропаганды. Эйден отправляется к Хуану за Уфешками - ультрафиолетовыми лампами.

Хуана не оказывается на месте. Эйден добирается до бара „Рыбий Глаз". Хуан оказывается в баре. Он отправляет Эйдена на поиски пропавшего отряда. Эйден находит несколько человек и спасает их от зомби. Далее он находит ещё пару человек, которые протягивали канаты к небоскрёбу. Эйден забирается на высотку и находит там лампы. Но появляются зомби. Придя в себя, Эйден расправляется с ними. Вернувшись к Хуану, тот рассказывает, что на телебашне опасно, ведь Ночные бегуны уже пробовали захватить её, но у них ничего не вышло.

Эйден оказывается участником операции по захвату телебашни. Его задача: залезть на самый верх и включить антенну. По дороге к телебашне, с ним связывается Роу. Он рассказывает, что группа, которая должна была захватить электростанцию для обеспечения энергией телебашни, не выходит на связь. Эйден прибывает к электростанции и разбирается с ренегатами, запускает генераторы. После этого Эйден доходит до телебашни. Свет выключается. Роу и Эйден отправляются к генераторам. Запустив их, они разбивают лагерь и ждут Джека Метта. Когда он приходит, Эйден, Миротворцы, Роу едут на лифте. Свет опять выключается и лифт останавливается. Джек сообщает, что электричества не будет, пока генераторы не починят. Группе приходится идти пешком. Вержбовски, один из Миротворцев, выходит на разведку. Неожиданно к нему подбегает зомби, которой в мгновение взрывается. Со всех сторон появляются такие зомби. Роу успевает оттолкнуть Эйдена, прежде чем взрывается зомби. Эйден теряет сознание. Придя в себя, он вступает в схватку с зомби, снова превращаясь в существо. После он находит Роу, который отдаёт ему передатчик и умирает. Эйден связывается с Джеком, докладывая о произошедшем. После с ним связывается Лоан, которая просит его вернуться. Она пытается расспросить Фрэнка про телебашню, но тот только говорит, что Эйден уже труп. Лоан отправляется к Эйдену. Фрэнк ругает его за это. Но Эйдену удаётся забраться на телебашню и добирается к антенне. Перед ним стоит выбор, кому передать контроль над передатчиком:

Если Эйден отдаст Миротворцам контроль, то те создадут радио и будут вести пропаганду. После, Эйден также поможет им активировать другие антенны. Потом Эйден получит информацию по поводу учёного ВГМ.

Если отдаст контроль Миротворцам, но с жучком Хуана, который Эйден может получить ранее, то тот будет прослушивать их. Джек Метт также поможет найти учёного.

Если отдаст Фрэнку и Выжившим, то Фрэнк создаст „Радио Новой Надежды". Потом он попросит Эйдена активировать антенны для прослушивания ренегатов и поиска учёного ВГМ.

Эйден идёт на встречу с Хаконом в храм. Он оказывается предателем. Эйден может убить его или пощадить. Потом Эйден добирается до бара, где Фрэнк принимает Лоан в группу Ночных Бегунов. В старом Вилледоре Эйден находит учёного ВГМ, Веронику и отправляется с ней к обсерватории.