Пролог

После битвы за Д6 Артём ушёл из Ордена и женился на Анне. Полковник Мельник продолжает восстанавливать боевую силу Ордена. Артём всё чаще вспоминает, что когда он стоял на вершине Останкинской телебашни и направлял ракеты на логово Чёрных, то слышал по радио чьи-то радиопереговоры — и он уверен в том, что сигнал доносился не из Москвы. Предполагая, что за пределами столицы России также выжили люди, он совершает множество вылазок на поверхность в тщетной надежде поймать сигнал из-за пределов города. Анна и Мельник относятся с недовольством к вылазкам Артёма: они уверены в том, что, кроме жителей московского метро, на планете больше никто не выжил.

Москва

Во время очередной вылазки на Артёма нападает большая стая стражей. Отбиваясь от них, он получает тяжёлые ранения. От мутантов Артёма спасают бойцы отряда «Спарта», которые доставляют его на ВДНХ, где ему переливают кровь. Анна уговаривает своего мужа прекратить совершать безрезультатные и вредные для здоровья вылазки. Мельник соглашается со словами Анны и уверяет, что за пределами московского метро нет никаких признаков жизни. Также полковник предлагает Артёму вернуться обратно в Орден.

Спустя неделю Артём, ослушавшись полковника, вновь отправляется на вылазку вместе с Анной. Радиопередатчик по-прежнему молчит. Возвращаясь домой на ВДНХ и отбиваясь от мутантов, Артём и Анна к своему удивлению замечают паровоз, движущийся в сторону Балашихи по железной дороге. В этот момент подъезжает фургон с солдатами Ганзы, которых герои принимают за своих людей из Ордена и, в надежде настигнуть поезд, садятся в него. Недружелюбно настроенные ганзовцы схватывают их. В грузовике пленные Артём и Анна неожиданно обнаруживают людей из провинции, которые добрались в Москву из деревни. Артём оказался прав по поводу выживших за пределами столицы. Добравшись до Балашихи, ганзовцы расстреливают приезжих и Артёма, который попытался защитить их. Благодаря жетону Хантера, остановившему пулю, Артём чудом остаётся в живых и оказывается в яме с трупами.

Выбравшись из ямы, Артём тайком пробирается на базу Ганзы — депо, где стоит увиденный им ранее паровоз. Артёму помогает машинист паровоза Ермак, которого заточили в комнате. Добравшись до командного центра, Артём спасает Анну. В ходе завязавшейся схватки Артём и Анна случайно уничтожают аппаратуру, из-за чего в командный центр стали транслироваться радиосигналы от выживших со всех континентов. Ганзейский командир объясняет им, что Артём и Анна только что вывели из строя устройство подавления радиосигналов. По словам командира, изоляция Москвы от остального мира обеспечивает безопасность её оставшихся жителей, так как война всё ещё продолжается.

Артём и Анна освобождают Ермака и угоняют паровоз, но их настигает группа зачистки. Этой группой оказываются товарищи Артёма — отряд спартанцев во главе с Мельником, а также двое офицеров Ганзы. В ходе словесной потасовки выясняется, что Артём и Анна совершили непростительный поступок со стороны Невидимых наблюдателей — уцелевших представителей правительства России, укрывшихся в Москве, — и теперь им за это грозит расстрел. Ради спасения Артёма и Анны полковник жертвует своей репутацией, решаясь на дезертирство. Бойцы Мельника говорят, что поедут вместе с ним. Выкинув с борта офицеров Ганзы и отбившись от преследования бронепоезда Ганзы, отряд покидает Москву на паровозе.

Отдалившись на значительное расстояние от столицы, беглецы обнаруживают, что здешний радиационный фон находится в пределах нормы, благодаря чему можно свободно дышать на поверхности без противогаза. Полковник объясняет, что теперь единственный шанс на прощение для них — это связаться с уцелевшим высшим руководством страны, которое расположилось в бункере у горы Ямантау на Урале. По приказу Мельника Артём с помощью радиоприёмника ловит сигнал из Ямантау, узнав координаты местонахождения бункера. Группа даёт паровозу имя «Аврора» в честь богини утренней зари и крейсера, отправившись в путь к горе Ямантау.

Волга

С наступлением весны спустя два месяца паровоз беглецов подъезжает к мосту через реку Волга в 766 км от Москвы (сама локация является вымышленной, но общая форма была подсказана изгибом реки напротив Саратова[12]). Мост этот вертикально-подъёмный, и его подвижная секция в тот момент сдвинута вверх. На подходе к мосту паровоз сносит группу бойцов в простых ватниках и баррикаду из брёвен, из-за чего ломается паровая машина. Мельник предполагает, что это были пособники иностранных оккупантов, и отправляет Артёма и Анну на разведку к замеченной невдалеке церкви.

В церкви Артём натыкается на проповедь некоего «Отца Силантия», возглавляющего секту «Орден электроборцев», поклоняющуюся некоей Царь-Рыбе и отвергающую электрические технологии (по ситуации, в проповеди на мосту и в разговорах «паладинов», иногда порицается и дизель). Попав в ловушку сектантов как не покаявшийся на проповеди еретик, Артём пытается выбраться из церкви и обнаруживает медсестру Катю и её дочь Настю, находящихся в плену у Силантия, так как они являются еретиками. Артём захватывает сектантскую лодку и покидает пределы церкви. Анна по рации сообщает, что уже доставила Катю и Настю на «Аврору».

Артёма с берега замечает Князь, которого Мельник послал на разведку. У берега на лодку набрасывается огромный сом-мутант и разносит лодку в щепки, но Князь помогает Артёму выбраться на берег. После разговора с Князем Артём возвращается к группе спартанцев. От Кати Мельник узнаёт об изгнаннике из секты — механике по кличке Крест, который может помочь в починке паровоза. По приказу Мельника Артём добирается до убежища Креста, который уже давно заметил новоприбывших и готов к ним присоединиться.

Возвращаясь к локомотиву, Артём слышит голос Мельника по рации, который просит его вместе с Дамиром и Сэмом найти Анну. Степан сообщает, что она ушла на разведку в район с антеннами. Артём направляется туда и находит зыбкий пролом, ведущий в химическое хранилище — наполненный ядовитым газом подвал. Провалившись туда, он находит полуживую, кашляющую Анну, не успевшую надеть противогаз. Артём надевает на неё противогаз и находит кремальеру выходной двери, а подоспевшие Сэм и Дамир отводят Анну на «Аврору».

Позже Мельник рассказывает Артёму, что можно пересечь мост сектантов без штурма, если захватить баржу торгового каравана, под видом торговцев обмануть охрану и попытаться опустить секцию моста. Ввиду разрастания экипажа, куда теперь вошли Катя, Настя и Крест, Анна предлагает доставить и прицепить к паровозу находящийся в вагономойке поблизости пассажирский вагон. Крест говорит, что в терминале у моста стоит отнятая у него сектантами дрезина, способная перетащить этот вагон к паровозу. Мельник соглашается с возникшим планом и посылает Артёма за дрезиной. После стычки с гигантским сомом, обитающим на терминале (здесь игроку предоставляется единственная возможность убить Царь-Рыбу), Артём находит дрезину, отбивает у бандитов с вагономойки пассажирский вагон и доставляет к «Авроре».

Прибыв к мосту на барже торговцев, Артём и Князь добираются до Силантия. В зависимости от действий, совершённых Артёмом в этой локации, Силантий либо согласится опустить мост и мирно пропустить состав «Авроры», либо же забьёт тревогу и будет оглушён. Князь или прыгает на состав вместе с Артёмом, или погибает на мосту, прикрывая проход поезда, в зависимости от действий Силантия (а действия последнего зависят от действий игрока в этой локации). Группа Мельника пересекает Волгу через мост на «Авроре». Позже Мельник вызывает к себе Артёма и обсуждает предстоящую встречу с министром обороны. Если Князь погибает, то его поминают.

Ямантау

Спартанцы достигают уральского правительственного бункера в Ямантау. Для безопасности состава, Мельник, Анна, Артём, Сэм и Идиот отправляются на дрезине Креста в сам бункер. Они видят множество остовов машин выживших, которым повезло добраться до этого места. Они проходят через огромный гермозатвор, где Мельник возмущается насчёт отсутствия какой-либо дисциплины (отсутствовали караульные). Вскоре они останавливаются около лифта. Сэм и Дамир остаются сторожить дрезину, а Мельник с зятем и дочерью отправляются на доклад.

Зачитав доклад, Мельник просит принять на иждивение его отряд, упомянув про спасённую Катю с дочерью, но после недвусмысленной реплики министра обороны, они понимают, что дело дрянь, но ничего не успевают сделать — их оглушают и тащат в другое помещение. Там они понимают, что угодили в лапы настоящих каннибалов, которые съели всех, кто прибыл в бункер. При этом рассудок сохранило только «высшее командование». Остальные же солдаты превратились в безумцев, разум которых фактически был уничтожен.

Вскоре после того, как главный увёл Анну на обследование, так как ему не понравился её кашель, в зал врываются Сэм с Дамиром, почуявшие неладное. Они решают разделиться и с боем прорваться к Анне (этим занимается Артём) и раздобыть хоть какие-нибудь данные по заражению территории (остальные). Сэм замечает, что архитектура и структура бункера Ямантау идентична московскому бункеру Д6, что облегчит им выполнение задачи.

Задача Артёма заканчивается успехом, но он сам едва не погибает от рук «Доктора», а Анна перерезает тому горло.

Они пробиваются в зал управления, где Мельник расстреливает «Министра обороны», затем скачивают данные, но понимают, что эти данные слишком старые и им нужно добраться до комплекса спутниковой связи. На этой ноте они покидают бункер и возвращаются на «Аврору».

Вера Мельника в сохранение действующего правительства подорвана, и он оказывается на перепутье. Вскоре они решают найти пригодное для жизни место, для чего они отправляются на побережье Каспийского моря.

Каспий

Используя данные о центрах спутниковой связи, которые они нашли в Ямантау во время разборок с офицерами бункера, спартанцы решают отправиться в центр «Каспий-1» возле Каспийского моря в надежде получить доступ к данным, собиравшимся ещё несколько лет после ядерной войны, чтобы найти пригодную для жизни землю для заселения и добираются туда ближе к маю 2035 года.

По пути возникает несколько проблем: иссякают запасы воды, еды и топлива для котла. Ермак предлагает установить систему капельной подачи солярки в котёл.

Вскоре их поезд обстреливают люди, передвигающиеся на автомашине. Оказывается, что около этого центра хозяйничают рабовладельцы, бывшие нефтяники, во главе которых стоит жестокий Барон, учредивший кровавый огненный культ имени себя. Команда истощена и обезвожена, Артем и Дамир должны найти способ отнять у бандитов воду и топливо для «Авроры». Анна тоже неважно себя чувствует, но списывает это на сухой климат, в котором она никогда не находилась. Так же думает и Катя, ставшая штатным врачом отряда. Хотя радиационный фон здесь нормальный, перемещения осложняют встречи с мимикрирующими под пустынные камни мутантами и мощные песчаные бури, хотя несколько проще становится с транспортом — Артём почти сразу отнимает у нефтяников сильно побитую судьбой «Буханку» (УАЗ-452). С «Авророй» по радио связывается последний местный повстанец, Гюль, дочь одной из давно погибших служащих «Каспия-1», на ломанном русском и просит Мельника и его бойцов о помощи против бандитов, осадивших её на маяке. Она становится проводником и союзником спартанцев.

После проникновения в «Каспий-1» и сбора наиболее свежих данных от 2019 года о заражении на территории Средней Азии, европейской и сибирской частей России, Артём с Дамиром организуют угон грузовика-водовозки от местного источника воды, на что Барон организует ответное нападение, но получает решительный отпор.

Занервничавший Барон притворно соглашается на переговоры и приглашает Артёма и Дамира к себе в логово, но парни быстро осознают, что это ловушка. В завязавшейся перестрелке Барон и его подручные погибают. В результате спецоперации к составу присоединяются несколько вагонов — вагон-цистерна с соляркой и платформа с техстанцией для «Буханки». В зависимости от действий Артёма в этой локации, Дамир либо решает остаться вместе с Гюль и своим народом, или же отправляется со спартанцами дальше, на восток.

Тайга

Октябрь 2035 года. Спартанцы изучили спутниковые карты, определили наиболее чистые от радиации места и решили двигаться к долине с ГЭС где-то в Северном Казахстане. Во время свадебного застолья (справляют свадьбу Степана и Кати) Анна вдруг начинает кашлять кровью и теряет сознание.

Очнувшись, она рассказывает, что «Доктор» из бункера Ямантау поставил ей диагноз — от газа в подземном сооружении на Волге, у неё разрушаются лёгкие. Мельник отказывается верить диагнозу «какого-то дегенерата», как он сам выразился, и считает, что это просто последствия смены окружающей среды (из сырых и заплесневелых тоннелей метрополитена в непредсказуемые условия открытого мира) и предлагает обосноваться в долине, считая, что лесной воздух поможет ей.

Катя находит в дневниках своей матери упоминание об экспериментальном препарате, разработанным незадолго до войны в Новосибирске и предлагает в случае чего двигаться туда.

Набравшись опыта после столкновения с фанатиками, людоедами и рабовладельцами, и опасаясь за состояние путей, которые могут не выдержать тяжёлый поездной состав «Авроры», спартанцы отправляют на разведку в долину Артёма и Алёшу на дрезине по второстепенному железнодорожному полотну вдоль реки. Однако происходит оползень и ребята падают в реку. Артём лишается практически всего снаряжения, но его спасает одетая по-дикарски местная жительница, молодая девушка, представившаяся Олей. Она сообщает, что спасла его напарника от расправы местных, но ей нужно уходить. Вскоре Артёму удаётся подобрать арбалет и несколько дротиков к нему, но связи нет ни с Алёшей, ни со спартанцами.

Артём обнаруживает в долине заброшенный пионерлагерь, а также две группы его подросших воспитанников. Эти опытные лесовики были обучены неким Учителем навыкам выживания, но в основном сохранили детские суждения и простые ценности. В их речи часто можно слышать классические пионерские заветы: быть смелыми, девчонок не обижать, стремиться стать вожатыми и т. д. «Пионеры», засевшие в огороженном поселении у ручья, терроризируются подслеповатым гигантским медведем-мутантом, которого также именуют Хозяином леса, также иногда к ним приходили мутанты с болот и бандиты, но по заветам Учителя они всегда только обороняются, не нападая в ответ, а в случае с новоприбывшими чужаками собираются судить их Лесным судом на собрании.

«Пираты» же более агрессивны и хотят без суда убить чужаков. Некогда, до разделения групп, они отправились в поход, а в это время на лагерь напали бандиты и жестоко расправились с дежурными. Часть ребят во главе с Ромычем жестоко отомстила бандитам, посчитав, что согласно словам Учителя о защите беспомощных лучшая оборона — это нападение. Это заставило Учителя уйти в самоизгнание к местной церкви, так как он посчитал, что не смог правильно повлиять на детей, и человечество обречено постоянно разделяться. У этой церкви на Артёма нападает Хозяин леса, но Артёму удаётся отбиться от него. Артём полностью знакомится с Ольгой, которая присматривает за могилой Учителя и сообщает новости об Алёше, который вырвался из плена Пионеров в сторону плотины.

Пираты после ухода Учителя отселились в лагерь на болотах за церковью в надежде сдержать волны креветок-мутантов и бандитов со стороны плотины ГЭС, а впоследствии от них отделилась ещё более радикальная фракция во главе с Адмиралом, поселившаяся на лесопилке у самой плотины. Они не собирались уходить оттуда даже когда из одряхлевшей без присмотра плотины стала просачиваться вода, а когда пошла и радиация, прежде оседавшая в донный ил водохранилища, пираты стали стремительно вымирать. К моменту появления Артёма в живых на лесопилке остался только ставший инвалидом на коляске и обезумевший от одиночества Адмирал, окружённый подпорченными мумиями друзей и дивными образами своей пиратской фантазии.

Ольга оставляет Артёма с Алёшей и уходит на время на совет у своей группы. Поздно вечером на них нападает Хозяин леса, с которым Артём, прилагая титанические усилия, расправляется. После этого прибывает отряд пионеров с Ольгой во главе.

Во время своих приключений Алёша влюбляется в Ольгу и теперь предлагает ей уехать с ним, но та отказывается и обещает ждать его возвращения в долину. Попутно Ольга объясняет Артёму, что плотина сдерживает радиоактивные воды. Добравшись как можно ближе к плотине, троица обнаруживает, что плотина, долго защищавшая долину от радиации, находится на грани разрушения, и после её обрушения заиленный и облучённый район надолго станет непригодным для проживания.

В зависимости от действий Артёма, Ольга или будет рада видеть Алёшу и будет огорчена по факту его отбытия и позволит им уйти, в ответ на что Алёша попытается сообщить ей об угрозе, или же, она будет в ярости, накричит на Алёшу, а при попытке уйти, его тяжело ранят из арбалета, и он останется парализованным.

Уже на поезде, Артём узнаёт, что состояние Анны сильно ухудшилось и причиной тому является отравление ядовитыми парами в подвале на Волге. Ермак, не думая ни секунды, начинает вести поезд в Новосибирск.

Новосибирск

Задолго до Новосибирска Мельник с Идиотом, рассматривающие снимок радиоактивного заражения, понимают, что столкнулись с очень серьёзной проблемой — снимок, который они считали испорченным, оказался не только некорректным, но и содержал информацию, что некорректными могут быть снимки, на которых радиационный фон зашкаливает. Сэм предполагает, что на город сбросили кобальтовую боеголовку. Однако в этом есть и «хорошая новость» — там в принципе не может быть мародёров.

Мельник, исходя из обстоятельств, раздаёт указания готовиться к защите поезда и его обитателей от радиации, а также отправиться в Академгородок на поиски того лекарства, если Мельник с Артёмом не смогут ничего найти в городе. Также вторая группа должна добраться до железнодорожного музея и найти им снегоочиститель.

Они добираются до Новосибирска, остановившись на станции Новосибирск-Главный. По пути они видят остовы пассажирских вагонов, на которых, видимо, собирались эвакуировать гражданских, но не успели.

Несмотря на риск облучения, Мельник и Артём в поисках лекарства решают отправиться в заснеженный город на автомобиле, подобранном ещё на Каспии и модифицированном для защиты от радиации. Но добраться до точки, которая им нужна, можно только спустившись в метро, так как единственная дорога перекрыта танком. Герои добираются до Новосибирского метрополитена через дыру в асфальте, где наталкиваются на мальчика по имени Кирилл, сына командира местной эвакуационной группы ОСКОМ (местное военное командование) и единственного выжившего в разыгравшейся в городе трагедии. Кирилл рассказывает, что его отец месяц назад отправился на поиски карты, отмечающей местоположение чистого, пригодного для заселения района. Также Кирилл вручает им последнюю пару ампул изобретённого здесь до войны антирадиационного средства «Зелёнка».

Двойка решает разделиться: Мельник решает пойти за картой в бункер связи, находящийся в чрезвычайно радиоактивной зоне (фон выше, даже чем в Новосибирске, а Артём отправляется на поиски лекарства в Новосибирский НИИ, где до войны разработали несколько передовых лекарственных препаратов, в том числе против респираторных отравлений. Артём видит множество трупов в ужасном состоянии и понимает, что многие люди были истреблены не врагом, а местными военными из ОСКОМ, в том числе из-за бунтов против экономии «Зелёнки». Также он встречает новые виды монстров: гигантских подземных пиявок и горилл-мутантов «Слепыш». По мере продвижения вглубь города он сильно облучается и видит галлюцинации, в том числе Анны, но «Зелёнка» на некоторое время отгоняет их. Артёму удается найти респираторное лекарство, однако он тяжело ранен слепышом, нагнавшим его у самого выхода.

Раненого Артёма находит Мельник и вкалывает ему свою порцию «Зелёнки», фактически обрекая себя на гибель. Вместе с Кириллом они пытаются вернуться на автомобиле к поезду с картой и лекарством, но по пути Мельник умирает от радиационного облучения. Артём из последних сил доводит машину до поезда. Кирилл присоединяется к команде.

Байкал

Из-за критической дозы радиации, полученной Артёмом, ему необходимо переливание крови, в котором принимают участие его спутники. Анна излечивается с помощью найденного лекарства. Экипаж «Авроры» селится на берегу озера Байкал, свободного от радиации и мутантов.

Судьба самого Артёма зависит от совершённых им в ходе путешествия поступков и зависящих от этого судеб некоторых членов экипажа.

Концовка

В плохой концовке, — если во время путешествия из экипажа «Авроры» так или иначе выбывают два-три человека, количество доноров на борту поезда оказывается недостаточным для спасения Артёма, и он умирает, а спартанцы и скорбящая Анна устраивают похороны для него и Мельника.

В хорошей концовке Артём выживает благодаря переливанию крови. Мельник похоронен на берегу Байкала, а Артём единогласно выбран новым лидером ордена «Спарта». Теперь, когда у них есть дом, Артём решает, что пришло время спасти человечество.

Два полковника

Пока Артем отправляется искать лекарство от болезни Анны в Новосибирск, Мельник начинает повторять шаги отца Кирилла, полковника Вячеслава (Славы) Хлебникова, чтобы найти спутниковую карту. Годом ранее Хлебников работал солдатом, охранявшим Новосибирский метрополитен, пока воспитывал Кирилла. Тем временем правительство Новосибирского метрополитена, ОСКОМ, планирует эвакуировать метро, ​​но антирадиационной сыворотки для защиты всего населения не хватает. В результате ОСКОМ начинает насильственно отбирать сыворотку у населения, что вызывает общественные беспорядки. Вскоре в метро вспыхивает гражданская война, вынуждающая Хлебникова защищать штаб ОСКОМ от мятежников. Однако генерал Анатолий Виноградов (Толя) применяет во время боя отравляющий газ, убив почти всех на станции. Когда Хлебников противостоит ему, Виноградов (Толя) показывает, что руководство ОСКОМ уже взяло оставшуюся сыворотку и сбежало, решив залить метро ядовитым газом, чтобы из милосердия убить остальное население. Однако, огорченный тем, что его оставили позади, Виноградов (Толя) приказывает своим людям уничтожить эвакуационный поезд ОСКОМ, прежде чем покончить с собой. Не имея другого выбора, Хлебников спускается в кишащий мутантами бункер, чтобы забрать карту, ведущую к озеру Байкал. Он находит карту, но после потери дозы радиопротектора умирает от радиационного облучения. В настоящем времени Мельник входит в бункер и находит тело Хлебникова и карту. Он уверяет Хлебникова, что умер не зря, и обещает перед отъездом вывезти Кирилла из Новосибирска.

История Сэма

После того, как Орден обосновался на озере Байкал, один из спартанцев, бывший охранник морской пехоты США Сэмюэл «Сэм» Тейлор, решает найти способ вернуться в свой дом в Сан-Диего, чтобы узнать, выжил ли его отец в ядерной войне. Расставшись с Орденом, Сэм едет в портовый город Владивосток, где встречает капитана Эдуарда «Эда» Баранова. Баранов указывает Сэму на уцелевшую атомную подводную лодку «Мэйфлауэр», которая может доставить Сэма обратно в США. Однако Сэма и Эд разделяет атака мутанта, и Сэма задерживают люди, работающие на Тома, американца. Том объясняет, что он был торговцем оружием, который застрял в России после падения ядерных бомб, и просит Сэма найти Эда, поскольку он единственный человек, который знает, как заправить подлодку. Эд не доверяет намерениям Тома в отношении Mayflower, тем более, что он все ещё вооружен ядерными ракетами, а его команда пропала без вести, но Сэм убеждает его заключить сделку с Томом. Сэм и Эд отправляются на ближайшую заброшенную военно-морскую базу, чтобы забрать топливные стержни, необходимые для работы «Мэйфлауэр». Однако Эд по-прежнему не доверяет Тому и просит Сэма использовать возможность саботировать «Мэйфлауэр», даже если для этого придется пожертвовать своим шансом вернуться домой. Внезапно лейтенант Тома Клим предает его и нападает на «Мэйфлауэр», заставляя Сэма, Эда и Тома работать вместе. Сэм убивает Клима, и «Мэйфлауэр» выходит из порта. Затем у Сэма есть выбор: либо саботировать «Мэйфлауэр», либо оставить его нетронутым.

Если Сэм не саботирует «Мэйфлауэр», Том отвезет его в Сан-Диего, как и обещал, с огневой мощью «Мэйфлауэр» в его команде. Если Сэм саботирует «Мэйфлауэр», подводная лодка взрывается и тонет, убивая Эда и Тома. Сэм остается во Владивостоке, но счастлив, зная, что никто не может применить ядерное оружие, которое было у «Мэйфлауэра», и решает найти другой путь домой.